血液や髄液に髄膜炎菌が侵入増殖すると、菌血症や髄膜炎など重篤な感染症を発症します。
アフリカサハラ砂漠周辺のいわゆる『髄膜炎ベルトmeningitis belt』地域（西はセネガル・ガンビア・ギニアビサウ・ギニアからマリ・ブリキナファソ・ニジェール・ナイジェリア・チャド・スーダンなどを経て、東はエチオピアに至るアフリカ大陸を横断する 地域）では、１００年以上にわたって乾期の流行が継続しています。
世界的には１歳未満の罹患率が高く、幼児・学童と減少しますが、１０代後半で再び増加します。思春期は、本疾患の好発年齢層です。特に欧米では、大学の寮、軍隊など多人数が共同生活する環境でしばしば流行がみられます。米国では、後発年齢前１０代前半での接種を推奨されています。
日本では ２０１５年 ５月から４種類の血清型（A，C，W，Y）の髄膜炎菌成分を含有する４価髄膜炎菌結合体ワクチンの接種が可能となりました。
